Eine angeborene Spalte im Lippen- oder Gaumenbereich ist eine der häufigsten kindlichen Fehlbildungen und wohl so alt wie die Menschheit selbst. Ein einzelner Auslöser ist nicht bekannt. Man nimmt an, dass sich bei einem ungünstigen Zusammenspiel von erblicher Veranlagung und Schwangerschaftsfaktoren eine solche Fehlbildung, sozusagen entgegen dem normalen Programm, durchsetzt. In Europa ist etwa jedes fünfhundertste Kind davon betroffen.

Jedes embryonale Gesicht besteht aus mehreren Wülsten und dazwischen liegenden Furchen. Eine Lippenspalte entsteht nun, wenn diese früh angelegten Furchen in der 5-6 Embryonalwoche nicht mit Gewebe gefüllt werden, es verbleibt am Ende der Schwangerschaft eine Lippenspalte oder Lippen-Kieferspalte. Im Gaumenbereich nähern sich in der 8-9 Embryonalwoche von beiden Seiten Wülste aufeinander zu, um in der Mitte miteinander und mit der Nasenscheidewand  zu verschmelzen. Falls dies nicht programmgemäß abläuft, z.B. durch Einlagerung der Zunge in die Spalte, verbleibt ebenfalls eine Spalte. Dies kann isoliert den hinteren Anteil des Gaumens (weicher Gaumen = Gaumensegel) oder zusätzlich den vorderen, knöchernen Anteil betreffen (harter Gaumen). Es besteht dann eine Verbindung zwischen Nasen- und Mundhöhle.